Wenn du auf den Autofokus wert legst, darfst du an der D40/D40x/D60 nur AF-S-Nikkore verwenden (oder Objektive von Fremdherstellern mit AF-Motor wie die HSM von Sigma). Denn nur diese haben den eingebauten AF-Antrieb.
Das AF-S Makro mit VR ist erstklassig. Der VR ist aber bei der Makrofotografie entbehrlich, weil du so oder so mit Stativ arbeiten musst. Wenn du bereit bist, fast 800 Euro für ein Makroobjektiv auszugeben, würde ich eher das Sigma EX 2,8/150 HSM (hat auch den eingebauten AF-Motor) nehmen, das um 600 Euro kostet. Du hättest einen größeren Arbeitsabstand, was in der Makrofotografie meist kein Nachteil ist.
Das 100er mit VR von Nikon lohnt nur, wenn du das Objektiv auch sehr oft anderweitig (als normales Tele- bzw. Porträtobjektiv) verwenden würdest.
Die anderen 100er von Sigma/Tamron/Tokina haben leider (noch) keinen eingebauten Af-Motor und können deshalb nur mit manueller Fokussierung verwendet werden (an der D40x). Damit kann man auch leben, aber es muss ja nicht unbedingt sein.
Gruß
Rainer